Muitos produtos são suscetíveis a contaminações por parte de agentes patogénicos. Estas contaminações poderão ocorrer durante a fase de produção, acondicionamento e/ou durante a utilização por parte do consumidor. De forma a avaliar a correto cumprimento das boas práticas de fabrico, assim como minimizar o risco para a saude do consumidor, os produtos devem ser sujeitos a controlos microbiológicos:

• Contagem de Bactérias aeróbias mesófilas
• Contagem de bolores e leveduras
• Escherichia coli
• Staphylococcus aureus
• Pseudomonas aeruginosa
• Candida albicans